علامه طباطبایی در چاپ جدید بحارالانوار نكاتی را در حاشیه بحار الانوار تا اوایل جلد هفتم منتشر كرد اما به دلایلی این حاشیه‌نویسی ناتمام ماند.
تفسیر المیزان علامه طباطبایی :
از حدود سال 1332 نوشتن تفسیر المیزان را آغاز كرد و تا سال 1350 آن را در 20 جلد به زبان عربی به پایان رساند. در این تفسیر از روش تفسیر قرآن به قرآن استفاده شده است و علاوه بر تفسیر آیات و بحث‌های لغوی در بخش‌هایی جداگانه با توجه به موضوع آیات مباحث روایی، تاریخی، كلامی، فلسفی، علمی و اجتماعی نیز دارد. ترجمه این اثر به دو شكل منتشر شده است؛ نخست در 40 جلد و سپس در 20 جلد، این اثر با توصیه علامه طباطبایی توسط سید محمدباقر موسوی همدانی به فارسی ترجمه شده است و برخی مجلدات آن هم توسط دیگران ترجمه شده است.
تفسیر روایی البیان:
علامه طباطبایی قبل از نوشتن تفسیر المیزان، در تبریز اقدام به نوشتن تفسیری با محوریت احادیث كردند. نام این تفسیر نیمه تمام تفسیر البیان فی الموافقة بین الحدیث و القرآن است و چنان‌كه از یادداشت‌های مؤلف به دست می‌آید، ایشان در فاصله سال‌های 1364 تا 1369قمری مشغول نوشتن این تفسیر بوده است و احتمالا به علت ورود ارتش روسیه به تبریز و بحران‌های بعد ازآن این كتاب ناتمام مانده است. این تفسیر چند سال بعد از درگذشت علامه منتشر شده و از اول قرآن تا پایان سوره یونس را دربر می‌گیرد.
تعلیقه بر بحار الانوار:
علامه طباطبایی معتقد بود كه بحار الانوار بهترین دائرة‌المعارف شیعه در زمینه احادیث و دارای یك فصل‌بندی مطلوب و توضیحات مناسب در ذیل احادیث است، اما از آنجا كه علامه مجلسی در مسائل فلسفی مسلط نبوده، گاه در توضیحاتی كه درباره احادیث نوشته دچار اشتباه شده است به همین دلیل بنا شد علامه طباطبایی در چاپ جدید بحارالانوار نكاتی را در حاشیه بیافزاید. این كار تا اوایل جلد هفتم بحار انجام شد و كتاب با توضیحات او منتشر شد، اما به دلیل این كه نقدهای علامه بر نظریات علامه مجلسی خوشایند عده‌ای نبود و از طرفی علامه طباطبایی حاضر نشد از مواضع خود صرف‌نظر كند، این حاشیه‌نویسی ناتمام ماند.
